重大呼吸道传染病，从SARS到禽流感再到MERS，一直以来都危害民众身体健康的疾病。呼吸道病毒的感染可以导致严重的肺损伤，从而导致患者的死亡，为了更好的从临床和基础相结合研究重大呼吸道传染病所致的肺损伤的机制，提高临床救治率。呼吸疾病国家重点实验室设立了重大呼吸道传染病与肺损伤研究方向，聚集国内外知名的学者，承担了国家重点研发计划等多项重大科研项目，牵头或参与制订一系列国内外指南、规范和专家共识，共同探讨呼吸道传染病与肺损伤的基础研究和临床救治。本方向设立两个学组：呼吸道病毒与感染学组和呼吸疾病中西医结合防治学组。

慢性阻塞性肺疾病（简称“慢阻肺”或COPD）是一种严重危害民众身体健康的常见病。其发病与吸烟、生物燃料和空气污染物暴露，病毒、细菌等病原体感染以及个体遗传变异等因素均有密切关系，这些因素间交互作用，共同造成气道和血管的慢性损伤，导致肺功能下降，呼吸困难、低氧，病变波及全身，引起患者运动耐量和生活质量下降。呼吸疾病国家重点实验室慢阻肺方向设立了两个学组，即慢阻肺学组和血管学组，汇聚了一批对我国和国际慢阻肺防控事业有重要贡献的中青年专家和学术骨干。

支气管哮喘和慢性咳嗽方向承担了国家重点研发计划等多项重大科研项目，牵头或参与制订一系列国内外指南、规范和专家共识，积极开展哮喘和咳嗽防诊治综合研究，深入基层医疗单位进行指导和推广，促进基础研究与临床应用相结合。本方向设立两个学组：过敏性肺疾病学组和慢性咳嗽学组。

肺纤维化与肺结核病研究方向是实验室于2018年7月新设立的研究方向。本研究方向承担多项国家级、省级、市级科研项目，在研项目经费达3900多万。研究成果被肺纤维化指南收录引用，参与制定多项肺结核病诊治专家共识，获得多项国内外发明专利。

呼吸研究成果产业化方向主要聚焦于呼吸道病毒感染疫苗、抗体药物、院感防控仪器等方向的基础与产业化应用；专注于肿瘤细胞免疫治疗，主要包括CAR-T细胞治疗和肿瘤治疗性疫苗的研发及产业化，以及创新型诊断试剂研发及产业化，特别是呼吸疾病诊治技术和产品的开发应用。生物医学工程学组主要研究开发具有生物活性及组织修复等功能的各类医用材料，同时研究新型生物医用纳米载体材料及医学影像技术。

呼吸相关与交叉学科研究方向由以下五个学组构成：呼吸疾病与组织工程学组、呼吸药理学组、呼吸病理生理学组、呼吸免疫学组、环境污染与呼吸疾病学组。以呼吸相关基础研究及临床应用转化研究为核心和特色，从多角度研究呼吸相关疾病发病与治疗的分子机制。