实验室积极贯彻“临床-基础-临床”的产学研发展理念，注重产学研的发展。实验室产学研基地平台（广州呼研所医药科技有限公司）成立于2009年，是广州市开发区重点引进和发展的项目之一。基地位于广州科学城瑞发路1号建成占地10000㎡、建筑面积23800平方米的“呼吸疾病国家重点实验室产学研基地”园区，已于2015年全面启用。2018年11月9日，建筑面积53600平方米的新生产基地园区在佛山南海高新区奠基，总投资预计超过3亿元，计划于2019年底完成建设，2020年投入使用。

基地定位为打造具国际影响力的原始创新型专业科技企业孵化器，主要业务包括产学研基地园区建设和发展、成果转化支撑技术平台建设、原创技术项目天使投资等三个主要方面，已引入社会资本超过3亿元，促进了各项业务的全方位发展。产学研基地自成立以来，已创立近20家创业企业，形成5个广州市创业领军人才团队为核心近300人产学研创业队伍，申请专利近百项。

已获批建设有“广东省呼吸医学工程实验室”、“广东省院士工作站”、“广东省呼吸医学工程技术研究开发中心”、“粤港新突发呼吸道病毒临床防治联合研究中心”、“粤澳呼吸道病原体新药联合研究中心”、“广州市呼吸医学公共技术服务平台”、“广州市博士后创新基地”、“广州市科技企业孵化器”、“广州市开发区科技企业孵化器”、“呼吸健康产业孵化器”等医工联合及产学研转化平台。先后成立广东省南山医学发展基金会、广东省南山医药创新研究院、广州市华南医学研究中心、广州市二型糖尿病研究所等公共创新平台。2018年，基地新增获批“呼吸健康产业孵化器”国家培育单位和“广州医科大学国家大学科技园培育单位”的资质，荣获2017年度广东省优秀科技企业孵化器和广州市生物产业联盟“杰出贡献企业奖”。

未来实验室产学研基地将以建设“国家呼吸健康产业创新中心”及国家级科技企业孵化器为目标，进一步引进社会资本成立专项孵化投资基金，计划在广州、佛山、东莞、深圳等珠三角地区高新园区为主建设生产基地和孵化分园区；力争成为优秀级国家级专业科技企业孵化器，为创新创业作出更大的贡献。